Las empresas Aisa Tren, Ariva Spain Rail, Avanza Tren, Empresa Ruiz, Empresa De Blas, Iberrail Spanish Railroad, Moventis Rail, Renfe Viajeros, Socibus y Vectalia cuentan con la licencia para viajeros. De ellas, disponen del certificado de seguridad de la Agencia, Aisa Tren, Avanza Tren, Renfe Viajeros y Veloi Rail.
Arcelor Mittal, Arramele Siglo XXI, Asturmasa Rail, Eusko Trenbideak-Ferrocarriles Vascos, Guinovart Rail, Logibérica Rail, Logitren Feroviaria, Mombus Rail, Nogartrain, Renfe Mercancías Tracción Rail, Transfesa Rail y Tramsportes Mixtos Especiales, (Tramesa) disponen de licencia para mercancías. De ellas, Acciona, Arramele Siglo XXI, Guinovart Rail, Logitren Ferroviaria, Renfe Mercancías, Tracción Rail, y Transfesa Rail, disponen del certificado de seguridad.
De licencia para viajeros y mercancías disponen Acciona Rail, Alsa Ferrocarril, CAF, Comsa Rail Transport, Continental Rail, Ecorail, Ferrovial Railway, Interbus, La Sepulvedana, Renfe Operadora y Transitia Rail. De ellas, disponen de certificado de seguridad para ambos tipos de transporte Alsa Ferrocarril, Continental Rail, Ecorail, Ferrovial Railway, Interbus y Renfe Operadora. Acciona Rail y Comsa Rail Trasnsport cuentan con certificado de seguridad para mercancías.
A ellas se unen dos empresas con licencia emitida en otro Estado europeo y certificado de seguridad en España, SNCF para viajeros y Takargo para mercancías, y dos empresas con habilitación específica para optar a adjudicación de capacidad, Conte Rail y Tramesa.
